Веб-версия приложения Messenger, запущенная компанией Facebook на сайте messenger.com, работает примерно так же, как и версия для мобильных устройств. Поддерживается голосовое общение, вставка в сообщения стикеров и смайликов, а также синхронизация бесед между различными устройствами. Для использования веб-версии тоже необходимо иметь учетную запись Facebook, но она работает независимо от аналогичной системы обмена сообщениями, встроенной в социальную сеть Facebook. Пока доступна только англоязычная версия Messenger, но в компании обещают в ближайшее время запустить и версии на других языках.
На мобильных устройствах сервис Messenger по функциональности давно вышел за пределы простого обмена сообщениями. Через нее можно, например, отправлять деньги, а сторонние разработчики имеют возможность встраивания в приложение своих расширений для пересылки и отображения любых типов файлов. Messenger становится также платформой для взаимодействия с сетевыми магазинами, отслеживания состояния заказов и так далее. Платежные функции будут работать и в веб-версии приложения, если пользователь разрешил их включение в мобильной. Файлы, для отображения которых требуются расширения, будут показываться в беседах, но создавать их в веб-версии нельзя.